Isak Botnen bygde en rekke hardingfeler og fioliner i første halvdel av 1700-tallet, og bidrog til den tekniske utviklingen av hardingfela.
Han var den yngste av tre barn, og ble født på fjellgården Skår på østsiden av Fyksesundet. Til Botnen kom han da han giftet seg 1711, og 1723 overtok han og kona gården, etter noen år å ha bodd på Tveit.
Som felemaker laget Isak Botnen både fioliner og hardingfeler. Han er utførlig omtalt 1766 i en anonym avisartikkel med tittelen “Efterretning om Viol-Mageriet i Vigøers Præstegield i Hardanger”, trolig skrevet av presten Iver Meldal på Voss. Ifølge denne artikkelen skulle Isak ha lært å lage feler av skoleholder Lars Klark omkring 1670, noe som må være minst 10 år for tidlig, ettersom Isak da bare var ett år gammel. Mye tyder på at Isak videreførte en eldre, folkelig norsk feletradisjon, på samme måte som Ole Jonsen Jaastad (1621–94) fra Ullensvang, som har bygd den eldste hardingfela vi kjenner til. Denne fela er laget 1651 og utstyrt med to resonansstrenger.
Senere fikk Isak se «ei tyske fela» (fiolin) hos en kar som gikk under navnet Austlands-Pål. “Då han fekk sjå denne nye fela hans Austlands-Pål, tok han til å laga slike fele, han og,” fortalte Mons M. Botnen (1845–1939) til folkemusikksamleren Arne Bjørndal. Den fela Isak Botnen utviklet, bygde fremdeles på de eldre feletypene, men han gjorde flere endringer når det gjaldt formen. Etter påvirkning fra fiolinen ble felekroppen nå mindre hvelvet, samtidig som den ble gjort en god del større. Antallet resonansstrenger økte, trolig fordi slike strenger på slutten av 1600-tallet ble et motefenomen over store deler av Europa. Her i Norge gav resonansstrengene, sammen med de øvrige endringene på fela som også hovedsakelig fant sted i Hardanger, opphavet til navnet hardingfele.
Isak Botnen og sønnen Trond Isaksen Flatebø (1713–72) er utvilsomt de mest sentrale felemakerne når det gjelder hardingfelas utvikling frem til siste del av 1700-tallet. Trond skal ha laget rundt tusen hardingfeler og en god del fioliner, og instrumentene hans var svært etterspurte også på Østlandet. Vi kjenner til knapt 20 bevarte hardingfeler etter Isak Botnen, alle av høy kvalitet. De fleste av felene er utstyrt med et særdeles pent skåret og karakteristisk kvinnehode, og antall resonansstrenger varierer fra en til seks. Felene signerte han Isak Nilsen Skaar. Tre av dem er sikkert datert, henholdsvis 1750, 1751 og 1753.
Isak Botnen var også kjent for å lage fioliner av svært god kvalitet. Det er fortalt at den norske fiolinvirtuosen Johan Henrik Freithoff fra Kristiansand uttalte seg sterkt rosende om fiolinene hans; en tid benyttet han også en fiolin laget av Isak Botnen. Freithoff ble 1744 utnevnt til “ekstraordinær hoff-fiolinist” ved Det kongelige Kapel i København, og det spekuleres på om Isak også selv tilbrakte en tid i Danmark. Kontakten med musikkmiljøet i den danske hovedstaden kan også ha skjedd gjennom sønnen Isak Isaksen, som i flere år tjenestegjorde i Kongens garde.
Isak Botnen drev som felemaker helt frem til sine siste år, og vi har bevart flere gode feler fra hans hånd fra 1750-årene. Da var han godt over 80 år gammel og hadde flyttet til sin datter Sigrid i Indre Ålvik etter at han var blitt enkemann. De fleste hardingfelene av Isak Botnen er i privat eie, men det finnes fine eksemplarer bl.a. på Hardanger Folkemuseum i Utne, på Sunnmøre Museum i Ålesund og på Norsk Folkemuseum i Oslo.